1953年10月26日，民进上海分会南京筹备小组成立，标志着民进南京地方组织的建立。1955年4月召开的第一次会员大会，选举产生了民进南京市分会筹备委员会，1957年3月召开的第二次会员大会选举产生了民进南京市第一届委员会。

截止2024年12月，共有会员2902人，集中了教育、文化、科技等界别的代表性人士，大学及以上学历1985人，占比68.4%（其中，研究生学历260人）；中级及以上职称2329人，占比80%（其中，副高级以上职称1329人），平均年龄58岁；会员规模全省居第一；各级人大代表、政协委员共有175人次，其中全国政协委员1人，省人大代表2人，省政协委员3人（常委1人）。下辖6个基层委员会、18个总支和118个支部，共有142个基层组织。

近年来，民进南京市委会传承和发扬民进先辈自觉接受中国共产党领导，在民进江苏省委会和中共南京市委的坚强领导下，在加强自身建设、夯实组织基础，认真建言献策、积极参政议政，发挥自身优势、开展社会服务等方面取得了优异成绩，多项工作荣获民进中央表彰，在新时代展现了南京民进新面貌，为建设“强富美高”新南京贡献了民进智慧和力量。